17.2.2016, Elodie Lavigne – planetesante.ch / L'hygiène excessive, surtout les premières années de vie, pourrait causer des perturbations de l'équilibre du microbiote. Laisser vos enfants se salir en jouant! – shutterstock.com

Longtemps négligé, notre microbiote – c'est ainsi qu'il s'appelle – suscite aujourd’hui un vif intérêt. En médecine, une plus grande compréhension de son fonctionnement fait naître de nombreux espoirs.

Et si les bactéries nous voulaient du bien? On connaît depuis longtemps le pouvoir pathogène des bactéries de manière isolée. Mais le regard sur elles est désormais plus nuancé. Depuis bientôt vingt ans, elles sont devenues un sujet d’intérêt majeur pour les scientifiques. Le séquençage du génome a en effet donné un coup de projecteur sur les milliards d’entre elles qui peuplent notre flore intestinale, notre désormais «microbiote».

Le microbiote contribue activement au maintien du bon fonctionnement de l’immunité en constituant une barrière contre les agents pathogènes externes, en d’autres termes, une protection contre les «mauvaises bactéries». Il joue un rôle homéostatique dans l’organisme, et est le garant de notre bonne santé. «Il régule le niveau d’inflammation dans notre organisme pour que les réponses immunitaires soient adéquates», commente le Dr Vladimir Lazarevic, du Laboratoire de recherche génomique des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG).

Maladie de Crohn

Les perturbations de l’équilibre du microbiote peuvent être induites par un certain mode alimentaire, par la prise d’antibiotiques ou par une hygiène excessive, surtout durant la première année de vie. Elles pourraient prédisposer au diabète, à l’obésité, à des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, à l’asthme ou à certaines allergies (eczéma), notamment. Les hypothèses sont en effet nombreuses.

De manière générale, il semblerait que plus la flore intestinale est diversifiée, plus l’organisme serait tolérant, et meilleure serait notre santé. C’est particulièrement vrai pour les personnes atteintes de la maladie de Crohn, chez qui on a observé une plus faible proportion de Faecalibacterium prausnitzii, une bactérie associée à une fonction anti-inflammatoire. Mais il ne s’agit que de corrélations entre la présence en petit ou en grand nombre de certaines espèces et le développement de pathologies. «En effet, on ne sait pas si le déséquilibre conduit à la maladie ou s’il en est la conséquence, confirme le Pr Gilbert Greub, chef du Service de microbiologie du Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV). C’est sans compter l’influence d’autres facteurs, génétiques ou propres à l’environnement».

Probiotiques ou non?

Il s’agit donc de rester prudent. Si, à cet égard, de premiers résultats d’études chez l’animal sont intéressants, il est difficile de valider les hypothèses et de comprendre réellement les mécanismes qui conduisent au développement de telle ou telle maladie.

Malgré les incertitudes scientifiques, l’industrie propose des produits dits «probiotiques», composés de bactéries ou de levures susceptibles d’avoir des effets bénéfiques sur la santé. Mais peut-on vraiment améliorer la composition du microbiote ou rétablir son équilibre en ingérant des pilules? L’efficacité de ces produits partage. «On ne prescrit pas de probiotiques, si ce n’est certaines souches très particulières dans un petit nombre d’indications, a déclaré Michel Maillard, médecin associé au service de gastro-entérologie et hépatologie du CHUV. Il manque encore des preuves d’efficacité clinique.»